De les pintures conservades de l'església, les més importants són les de l'absis central i dels dos arcs triomfals que el precedeixen, dels que hi ha restes in situ, alguna descobertes recentment. L'absis és presidit per la figura imponent de la Maiestas Domini, o Crist en majestat, dins de la màndorla de glòria, assegut sobre l'arc del cel i amb la terra com a escambell dels seus peus, segons la simbologia bíblica, amb el llibre de la vida obert sobre el genoll esquerra i subjectat per amb la mà, on hi ha escrita la cita EGO SVM LVX MVNDI (Jo 8,12). Amb la dreta, de gran qualitat formal, beneeix. Duu nimbe crucífer i al costat del seu cap, pengen de la màndorla les lletres alfa i omega. Duu riques vestidures, amb les vores ornades amb simulació de pedreria, tant la túnica com el mantell, tots dos amb uns plegats abundants que recorden els de de certes obres de l'escultura tolosana o borgonyona, platejada la túnica i blau el mantell, cenyit a la cintura amb un cinturó de pedreria. El rostre és molt imposant i la mirada penetrant, de gran força. El fons és blau. Al seu voltant, sobre un fons de bandes de color, de dalt a baix negre, gorc i blau, s'hi despleguen els quatre símbols del Tetramorf, d'una manera molt original, però. L'àngel apareix a dalt, a l'esquerra (a la dreta de Crist), amb el llibre; com a pendant, a l'altre costat de la volta, hi ha un altre àngel, el qual, amb les mans velades, sosté l'àguila, símbol de Joan. A la part inferior hi ha quatre cèrcols, els quals, per la manera de disposar-ne els colors, ocre i gris, sembla que girin. Segons Marcel Durliat sembla que representin la carrossa de Ihavé. Dels cercles més pròxims a la màndorla sorgeixen de mig cos sengles àngels, com si estiguessin a la finestra, els quals subjecten els altres dos animals simbòlics, el de l'esquerra (a la dreta de Crist), agafa el lleó de Marc per una de les potes del darrera. L'altre àngel agafa pel llom, pel darrera on neix la cua, el toro de Lluc. Una i altre animals simbòlics es troben sobreposats als altres cercles, sobre un fons vermell, alats i cadascun amb el llibre, amb cobertes de rica pedreria, el lleó de Marc amb tot el cos ple d'ulls i el toro de Lluc només amb un parell d'ulls també sobre el cos. Un i altres són representats de cos sencer i disposats com si s'allunyessin de la Maiestas. El lleó, tanmateix, gira la cara per mirar-la, però no així el toro, que mira endavant seu. Els àngels que els subjecten per la posició del rostre i la de les mans, sembla que rebin o que esperin rebre ordres del Crist. A un costat i altre d'aquesta teofania hi ha disposats, als extrems de l'absis, un serafí a l'esquerra (a la dreta de Crist) i un querubí a l'altre costat, identificats per les inscripcions que els acompanyaven. Sota de la teofania, al semicilindre, hi ha el col•legi apostòlic amb Maria, representat sota unes arcades, per acabar de simular la Jerusalem celestial, la ciutat dels sants. Maria, situada a l'esquerra d ela finestra (a la dreta de Crist), en lloc del calze habitual,sosté amb la mà velada una pàtera o plata de la qual surten uns rajos vermells. La simbologia eucarística és clara. A l'altre costat de la finestra hi ha Joan, a qui es dedica un ampli espai, amb el llibre a les mans, que mostra, tot i que tancat, amb bella coberta de pedreria, alçat i subjectat per la dreta velada. És el llibre que inspira la visió el que ens mostra, el de la Revelació o de l'Apocalipsi. Completen el registre les figures de Tomàs i Bartomeu, a l'esquerra, i de Jaume a la dreta de Joan. De l'apòstol del seu costat no en resta quasi res. In situ hi ha restes prou significatives de altres figures d'apòstols, entre els quals Pere, que omplien tot aquest registre, els arcs absidals inclosos. A sota, separant-lo del sòcol, hi havia una greca, molt malmesa, sota la qual, en un estrat inferior de pintura i arquitectònic, es descobrí una finestra tapiada i la seva decoració, que correspon, doncs, a un moment precedent. La visió de la divinitat de la volta absidal es completa amb les imatges teofàniques de les claus dels arcs triomfals, amb la mà de Déu o Dextera Domini a la clau del més pròxim a l'absis i en l'altre l'Anyell apocalíptic de set ulls. La mà de Déu beneïa la figura d'Abel, de la qual hi ha restes in situ. A l'altre costat, també in situ, enfront d'aquesta figura n'hi ha una de vestida amb una llarga túnica i calçada amb sabates, per la qual cosa, no podent ésser Caïm, que hauria dut fandilla curta, ha de ser Melquisedec. Es tractaria, per tant, de les ofrenes dels dos testaments. Al dessota d'aquesta darrera figura, encara in situ, hi ha el Fratricidi o crim de Caïm i contraposat a aquest, a l'altre costat de l'arc, hi havia una figura bíblica que es conserva al museu, bé que muntada sobre una superfície plana i exposada, per tant, fora del context absidal. Per altres figures similars d'altres arcs triomfals, com els de Ginestarre (MNAC) i Baltarga (Museu Diocesà d'Urgell), on hi ha restes d'una inscripció, s'identifica amb Efraïm, és a dir que seria una personificació del poble d'Israel, que sempre es representa girat d'esquena a la teofania. En el segon dels arcs, el que es troba més a prop de la nau, hi ha l'Anyell apocalíptic amb set ulls, representat dins un clipeus, a la clau de l'arc, conservat al museu. És portat per uns àngels alòpters, conservats en part al museu i en part in situ. Sota aquests, a una i alta banda de l'arc, hi havia una part de la paràbola del pobre Llàtzer (Lc 16,19-31), que es conserva meitat al museu, meitat in situ. Així, la taula parada i ostentosa del banquet del ric es troba a l'església de Sant Climent de Taüll i, al museu, el pobre Llàtzer representat davant la porta ferrada del ric, amb un gos que li llepa les nafres, que li cobreixen tot el cos, com al codi auri d'Epternach. In situ, a la carta frontal dels pilars on comença l'arqueria de separació amb les naus, hi ha sengles figures, sant Climent el del costat septentrional i un altre sant, també representat frontalment, en la meridional. Al capcer o paret on s'obre l'absis hi ha sengels figures amb casc tocant la trompeta, una al museu i l'altra conservada encara in situ. De la decoració d'aquesta es conserva, encara, la inscripció de la columna, que parla de la consagració de l'església pel bisbe Ramon de Barbastre, el 4 dels idus de desembre del 1123, referència que s'utilitza per datar les pintures. De l'absidiol nord es conserva part de la decoració, d'una altra mà totalment diferent, el mestre del Judici Final, a anys llum del mestre de Taüll, potser un ajudant encara força inexperimentat en l'ofici, el qual treballà també en la decoració de la nau de Santa Maria de Taüll. D'aquest absis septentrional es conserven, al museu, les pintures del semicilindre, amb una teoria d'àngels. In situ hi ha també restes pictòriques, les més destacades de les quals són les del capcer de l'absidiol, amb uns gossos que s'empaiten, un dels quals mossega l'altre. També hi ha vestigis pictòrics a la paret nord, tocant a l'absis, i al capcer de l'absidiol meridional, testimonials.