De la decoració dels dos absis laterals de l'església, la més completa és la del meridional o de l'Epístola, amb la paràola de les verges prudents i de les verges fàtues; al de l'Evangeli hi havia representada la missió dels apòstols, amb tots ells asseguts entorn de Pere, entronitzat, al centre. Ala volta de l'absis de l'Epístola, hi ha, dins un medalló o màndorla circular que imita la pedreria, la imatge de mig cos de la Mare de Déu amb l'Infant, o Maiestas Mariae, quasi esborrada, llevat de les mans, i una part del vestit, que abracen el Nen, aquest també amb el rostre perdut. La identificació, tanmateix, és clara i inequívoca per la inscripció del costat, S(AN)C(T)A MARIA. Al dessota, al registre principal del semicilindre, s'hi desenvolupa la paràbola de les Verges Prudents i de les Verges Fàtues, de Mateu (Mt 25,1-13). Les Verges prudents, coronades i amb les torxes enceses, es troben dins la casa del Senyor, assegudes a la seva taula i preparades per al banquet. Crist, l'Espòs, es troba dret a la porta de la casa, tocant a la finestra, tot negant l'accés a una de les verges fàtues, que, molt malmesa, es veu representada a la dreta de la finestra axial. Les altres quatre, també dretes, figuren a l'esquerra, a la paret meridional de l'absis (la darrera d'elles només de mig cos, perquè és repreentada darrra la finestra lateral). No duen corona i tenen les llànties apagades i de cap per avall. Sengles inscripcions identifiquen correctament les unes i les altres, QVI(N)QVE PRVDENTE / QVI(N)QVE FATVE. Més a la dreta, quasi amagada pel tancament de l'absis, que és de ferradura, hi ha la personificació de l'Església, representada com a dona coronada i amb nimbe, amb una palma a la mà, asseguda sobre un temple, amb una inscripció que la identifica, SA(NCT)A ECREXIA. Al dessota, al sòcol de l'absis, hi ha pintats cortinatges figurats, amb la simulació que al darrera de les teles es veuen escenes de cacera. L'evangelista Mateu, asegut al seu escriptori, està assegut a l'intradós de l'arc. En la que era la paret exterior de l'església, on s'obria l'absis, hi ha restes de la bella greca en perspectiva que l'extradossava, amb un pagó al carcanyol.

L'absis de l'església era presidit per la figura del Crist en majestat o Maiestas Domini, emplaçat dins d'una màndorla i assegut sobre l'arc del cel. En resta només una petita part: un bocí de la part inferior de la túnica vermella i un dels peus, nu i bellament modelat, que reposa sobre un escambell arquejat. Aquest Crist en majestat era flanquejat per sengles profetes, un dels quals només conservat sencer, que s'hi apropaven en actitud reverent, el cos doblegat i les mans esteses, en gest de súplica. Als costats de la volta hi havia sengles arcàngels advocats, també parcialment conservats, que duien els rètols habituals i anaven vestits a la manera dels alts dignataris de la cort bizantina. Al semicilindre, sota una greca, hi ha el col•legi de sants i apòstols, amb les figures centrals de Pere i Maria, a l'esquerra, i Joan el Baptista, amb l'Anyell, i Pau a la dreta. Als marges, Joan l'evangelista i un altre apòstol. Tots ells estan asseguts en un banc que simula incrustacions de pedreria i, a dalt, un fons negre. Aal mateix registre però a l'ampli arc absidal hi havia profetes, de dos dels quals resta el bust (que espera ser completat amb un fragment de la reserva). Al sòcol de l'absis, separat per una magnífica greca en perspectiva que inclou corones, hi havia cortinatges. Sobreposant-'hi, a la dreta, hi ha la figura de la donant, una dama noble que s'acosta amb respecte a les imatges sagrades amb un ciri entès. Per les rstes d'una inscripció, s' identifica amb la comtessa Llúcia de Pallars Sobirà. A la reserva es conserven distintes restes pictòriques, d'emmarcaments i figures. I in situ hi ha restes d'altres pintures, a l'intradós de l'arcada septentrional més pròxima als absis, en un lloc elevat, ben visible des de la nau, amb el retrat d'un jove home i una dona, extraordinàriament semblants a la comtessa. Això i el lloc destacat que ocupen permet d'identificar-los amb personatges del seu mateix llinatge comtal, tal volta alguns dels seus fills.

Dins del corpus d'obres adscrites a l'anomenat cercle de Pedret, les pintures d'Àger tenen especial similitud amb l'única d'aquestes obres que es conserva fora del territori català, el conjunt de Saint-Lizier de Coserans (Arieja, França). La corporeïtat de les dues figures, l'harmonia de la composició o la delicadesa en el modelat dels rostres, amb les característiques carnacions al front, les galtes i el coll, acrediten la qualitat de la pintura. Cal tenir present que la canònica de Sant Pere d'Àger era un dels principals centres de poder religiós i polític al sud del comtat d'Urgell.