Tota l'església era decorada amb pintura mural. Se'n conserven les de l'absis, les de l'arc triomfal de l'absis meridional, de les parets meridional i occidental, de dues columnes i d'alguns intradosos. La decoració absidal, que és de gran qualitat i es relaciona amb l'art del Mestre de Taüll tot i que no és el mateix, s'atribueix al Mestre de Santa Maria de Taüll. Les de l'arc triomfal lateral es relacionen també amb aquesta escola o taller de gran qualitat, i totes les altres, les dels murs perimetrals, de les columnes i dels intradosos s'atribueixen al Mestre del Judici Final, el qual, tot i ser deutor d'aquesta escola, no en té ni la grandesa, ni la monumentalitat i és, en tot, força més senzill. El nom prové de la composició que hi havia a la façana occidental de l'església. El mateix Mestre del Judici Final pintà, també, la decoració de l'absidiol septentrional de Sant Climent de Taüll, d'una qualitat que no té res a veure amb la de l'absis principal d'aquesta església ans, de tant diferent com és, rudimentària i sense relleu, indicaria un canvi en el programa pictòric, a nivell d'artistes i, probablement, econòmic. \nPel que fa a la iconografia, a l'absis central de l'església de Santa Maria hi ha la Maiestas Mariae o Mare de Déu en majestat, amb l'Infant a la falda, centre de l'escena de l'Epifania (Mt. 2,11), amb els mags: Melcior a l'esquerra (a la dreta de l'Infant i de la Verge), Gaspar i Baltasar a la dreta. A la clau del primer dels arcs triomfals, el més pròxim a l'absis, hi ha l'Anyell de Déu, girat cap a la dreta. En aquest costat hi ha la figura d'Abel, que presenta l'Anyell, la seva ofrena. La mà de Déu, que sorgeix d'un cercle, el beneïa. Al mateix registre però a l'intradós de l'altre arc triomfal, més ample i pròxim a la nau, hi havia els símbols del Tetramorf representats de forma zoomòrfica, és a dir amb cos humà i el cap de l'animal simbòlic corresponent. Els símbols s'alternaven amb serafins i arcàngels. Es conserven el del costat meridional, on es pot distingir el del lleó de Marc en la part més pròxima a l'absis, al costat d'un serafí i, a l'altre costat d'aquest, l'àliga de Joan, flanquejada a l'altre costat per l'arcàngel Gabriel.\nA sota d'aquest registre hi ha el col•legi apostòlic, representat sota uns arcs sostinguts per columnes que simulen ser hel•licoïdals, és a dir sota una arquitectura figurada, que acaba de configurar la significació de Jerusalem celestial d'aquest registre dogmàtic. És presidit per Pere i Pau, aquest l'apòstol dels gentils, que es troben situats a banda i banda de la finestra central. Aquest registre figuratiu s'estenia també pels arcs absidals i sembla que, a més dels apòstols, comprenia sants i doctors de l'Església. A sota hi ha una sanefa de gran magnitud que inclou uns grans medallons habitats per animals simbòlics, reals i fantàstics, icongorafia que s'inspira de la de sedes i teixits orientals. És excepcional el protagonisme que hi té. Al dessota, en tota la part del sòcol, hi havia rics cortinatges simulats, on també hi havia cercles amb animals, de la mateixa inspiració, però més tènues i esborrats, perquè, a part l'estat de conservació simulava que estaven rera la cortina. L'altar de l'església, d'obra, també era decorat amb cercles tangents, similars als d'aquesta decoració absidal, amb animals al centre, tot i que més malmès i esborrat.\nPel que fa a les altres pintures de l'església. Al capcer de l'absidiola meridional hi ha dos paons abeurant-se del calze de la salvació i al dessota, a l'intradós de l'arc absidal, dins un clipeus o medalló portat per sengles d'àngels, es representa la mà de Déu estesa vers el poble. A sota els àngels, un patriarca o profeta a cada costat, separats per dintells sostinguts per columnes de capitell semblant als de l'absis central. A la paret meridional hi ha dos registres historiats, l'inferior dels quals, sobre el sòcol amb cortinatges, conté escenes del Nou Testament: l'Anunci a Zacaries mentre oficiava al temple (Lc. 1,5-20) i la Nominació del Baptista (Lc. 1,62-63), a més de la visita dels mags a Herodes (Mt. 2,7) i de l'Epifania (Mt. 2,11), que es torna a representar en aquest mur lateral. Al registre superior hi ha cinc compartiments, la pintura dels quals, però, només es conserva en la seva meitat inferior, amb la qual cosa és més difícil d'identificar els episodis correctament. S'ha dit que algun d'ells podria referir-se a la història de sant Climent, però també podria ser la de Pere, i una d'elles és la caritat de sant Martí, en la qual el pobre és el mateix Jesús. El darrer episodi de la dreta sembla fora de lloc, perquè són uns àngels armats amb llandes i escuts i preparats per a la batalla, com els de sant Miquel que lluiten contra el drac (Ap. 12,7), però això implicaria que l'escena es troba fora del lloc que sintàcticament li correspondria. Aquesta no és, però, l'única anomalia iconogràfica d'aquest conjunt pictòric. A la paret occidental hi havia el Judici Final, del que manca justament la figura del Crist jutge que hauria ocupat el centre. A banda i banda hi ha àngels amb les Arma Christi i a sota la Psicostasi o pesada de les ànimes per sant Miquel. A la dreta de la porta unes ànimes al foc. Al timpà de la porta un home jove amb dues copes. I en la dita modernament ‘capella baptismal', situada entre el campanar i la façana occidental, a més de la lluita de David i Goliat (1Sa 17), a la paret occidental, es representa l'Infern en la paret meridional, una altra escena difícilment explicable aquí, perquè, a més, l'Infern hauria d'estar situat, a l'esquerra del Crist Jutge, on efectivament se'n descobriren restes, conservades a la reserva del museu, ja que en la museografia actual no es poden exposar (no hi caben). Es conserva també la decoració de dues de les columnes, amb sant Climent i sant Nicolau, i d'alguns intradossos dels arcs de separació de les naus, amb sants i profetes. Però al museu conserva encara altres fragments de pintura a la reserva, entre els més importants dels quals, a part aquest infern que prové del mur occidental de la nau nord, hi ha el segon arrencament de l'absis. La resta són fragments de cortinatges, de rostres o de temes decoratius.