En el año 1944 la Biblioteca vuelve a la Ciudadela como Biblioteca de los Museos de Arte de Barcelona. En ese momento es una biblioteca municipal especializada. De este período hay que subrayar la importante labor del entonces y hasta 1985 fue director de los Museos de Arte, Joan Ainaud de Lasarte. Joan Ainaud dio en estos  años un gran impulso a las adquisiciones, que pasan de 8.000 a 80.000 ejemplares.

1944 Depósito de la Biblioteca del antiguo Arsenal de la Ciudadela

El antiguo Arsenal deviene la sede del Museo de Arte Moderno y de la Biblioteca de los Museos de Arte de Barcelona. Los libros estaban ordenados en cinco secuencias, dependiendo de su formato.