L’any 1944 la Biblioteca torna a la Ciutadella com a Biblioteca dels Museus d’Art de Barcelona. En aquest moment és una biblioteca municipal especialitzada. D’aquest període cal subratllar la important tasca de qui aleshores i fins a l’any 1985 va ser el director dels Museus d’Art, Joan Ainaud de Lasarte. Joan Ainaud dóna en aquests anys un gran impuls a les adquisicions, que passen de 8.000 a 80.000 exemplars.

1944 Dipòsit de la Biblioteca de l’antic Arsenal de la Ciutadella

L’antic Arsenal esdevé la seu del Museo de Arte Moderno i de la Biblioteca de los Museos de Arte de Barcelona. Els llibres hi estaven ordenats en cinc seqüències, segons el format.