L’any 1944 la Biblioteca torna a la Ciutadella com a Biblioteca dels Museus d’Art de Barcelona. En aquest moment és una biblioteca municipal especialitzada. D’aquest període cal subratllar la important tasca de qui aleshores i fins a l’any 1985 va ser el director dels Museus d’Art, Joan Ainaud de Lasarte. Joan Ainaud dóna en aquests anys un gran impuls a les adquisicions, que passen de 8.000 a 80.000 exemplars.

1944 La Biblioteca a l’antic Arsenal, seu del Museu d’Art Modern, a la Ciutadella

La Biblioteca està situada al primer pis. Vista del vestíbul i sala de fitxers. Després de la Guerra Civil es perd el sentit unitari que havien tingut els museus de Barcelona fins aquests moments. La Biblioteca depèn ara de l’Ajuntament de Barcelona i s’anomena Biblioteca de los Museos de Arte de Barcelona. La directora de la Biblioteca és, en aquest moment, Aurora Díaz-Plaja.