L’any 1944 la Biblioteca torna a la Ciutadella com a Biblioteca dels Museus d’Art de Barcelona. En aquest moment és una biblioteca municipal especialitzada. D’aquest període cal subratllar la important tasca de qui aleshores i fins a l’any 1985 va ser el director dels Museus d’Art, Joan Ainaud de Lasarte. Joan Ainaud dóna en aquests anys un gran impuls a les adquisicions, que passen de 8.000 a 80.000 exemplars.

1946-1947 Carnets de la Biblioteca de Josep Francesc Ràfols i Antoni Tàpies (números 100 i 62)

Aquests dos carnets de lector són representatius dels usuaris de la Biblioteca en aquests anys. Un correspon a Josep Francesc Ràfols Fontanals, catedràtic de l’Escola d’Arquitectura i historiador de l’art, i l’altre a un joveníssim Antoni Tàpies, en la seva etapa de formació.